Esta estructura hace referencia a la base natural del territorio que comprende la geomorfología, los ecosistemas existentes, el clima, la geología, la hidrología, los suelos, la biodiversidad, las áreas protegidas, las amenazas naturales, socio-naturales, así como la variabilidad climática y los escenarios de cambio climático.

A escala del departamento del Huila, esta estructura se aborda a partir de dos (2) temáticas: 

  1. Estructura Ecológica Principal (EEP) departamental. 
  2. Gestión del Riesgo de Desastres.
  3. Adaptación al Cambio Climático