En términos de los elementos institucionales, el POD presenta desafíos frente a la articulación y los arreglos institucionales propios de un instrumento supramunicipal con impacto e incidencia territorial tanto en cada uno de los territorios que lo conforman como más allá de sus límites político-administrativos. Desde el punto de vista de las articulaciones institucionales, un instrumento de la naturaleza del POD implica coordinar con diferentes dimensiones:
- Coordinación multiescalar: entre los diferentes niveles de gobierno (nacional, departamental, metropolitano, municipal) y con tratados, figuras y acuerdos internacionales que afectan el ordenamiento de su territorio.
- Coordinación entre pares: con otros departamentos con los que comparte territorios y límites político-administrativos.
- Coordinación entre sus componentes territoriales: de tipo político y administrativo entre sus municipios y de interacciones entre los territorios que lo componen.
- Coordinación entre políticas públicas, programas y planes: de tipo sectorial, ya sean desde el gobierno central o con las dependencias rectoras del mismo departamento.